Dvoustupňová dezinfekce je určena pro digestivní endoskopické přístroje. První stupeň znamená nutnost dezinfikovat přístroje ihned po použití, a to přípravkem, který má virucidní účinek, pak následuje mechanická očista a druhý stupeň dezinfekce. Vyšší stupeň dezinfekce se v praxi užívá pro endoskopy vstupující do sterilních systémů, typicky bronchoskopy.

Dezinfekce se uplatňuje jednak ve smyslu postupu preventivního (dezinfekce profylaktická), ale také má ve zdravotnictví svůj význam dezinfekce ohnisková, jejímž cílem je zamezit rozšiřování nákazy (dezinfekce represivní).

Při používání přípravků je nutné respektovat doporučené pokyny. Zejména je nutné dodržet vhodnou koncentraci a expoziční dobu.